我们的支部书记跟你的情况差不多,他三岁父母就离异了,所以他在给我们讲的时候有提到过你说的问题:入党自传里的主要是考察你的家人的政治面貌和表现,不是追究他们。所以只要写父亲的政治面貌和你知道的情况就OK。如果你觉得不把握的话还可以私下找支部书记沟通下。祝你早日入党。