统骨骼系
外骨骼包括鳞甲、鳍条和棘刺等；内骨骼通常是指埋在肌肉里的骨骼部分，包括头骨、脊柱和附肢骨骼。头骨由脑颅和咽颅两部分组成、脑颅由许多骨片所合成，其主要作用是保护脑；咽颅由一对颌弓、一对舌弓和五对鳃弓所组成，分别具有支持颌、舌和鳃的功能。脊柱由体椎和尾椎两种脊椎骨组成，体椎附有肋骨，尾椎无肋骨着生。
肌肉系统
鱼类的躯干部和尾部的肌肉由许多肌节组成，肌节之间有隔膜连接而呈分节现象。体侧肌肉被一水平走向的肌隔分为两段，上段叫轴上肌，下段叫轴下肌。轴上肌分化出背鳍部分的肌肉。尾部肌节分化出尾鳍肌。轴下肌分化为腹部与胸、腹鳍等部肌肉。
消化系统
消化系统包括消化道和消化腺。消化道的起端为口，经口腔、食道、胃、肠而终于肛门。口腔内有齿和鳃耙等构造。消化腺包括胃腺、肠腺、肝脏、胰腺和胆囊等。这些腺体能分泌各种消化液使食物消化。胃腺分泌的胃蛋白酶，肠腺分泌的肠蛋白酶和胰腺分泌的胰蛋白酶，均能消化各种蛋白质。肝脏和胰脏的分泌物含有较多的淀粉酶和脂肪酶，可分别把糖类和脂肪分解而被肠壁吸收。被消化后的食物残渣和不能消化的其他物质，则由肠的蠕动经肛门排出体外。
循环系统
主要包括心脏、动脉、静脉等。心脏位于最后一对鳃的后面下方，靠近头部，由一个心房和一个心室组成。血液由心室出，经过腹大动脉进入鳃动脉，深入鳃片中各毛细血管，其红血球在此吸收氧气，排出血液中的二氧化碳，使血液变得新鲜。此后，血流经出鳃动脉而归入背大动脉，再由许多分枝进入鱼体各部组织器官。然后转入静脉，再汇集到腹部的大静脉。静脉血液经过肾脏时被滤去废物，流经肝脏后重新进入心脏循环。
呼吸系统
主要靠鱼类的鳃来完成。鳃位于头的两侧，外有鳃盖覆盖。鱼鳃主要由鳃弓、鳃片和鳃耙组成。
神经系统
鱼类的中枢神经由脑和脊髓两部分组成。脑又分化为端脑、间脑、中脑、小脑和延脑五部分。脊髓位于髓弓的椎管内，是一条扁椭圆形的长管，前端跟脑连接，向后延伸至最后一椎骨。外周神经由中枢神经系发出的神经与神经节组成，它包括脑神经和脊神经。植物性神经系统是一类专门管理平滑肌、心脏肌、内分泌腺和血管扩张收缩等活动的神经，与内脏的生理活动、新陈代谢有密切关系。
生殖系统
生殖腺成对，即精巢或卵巢都是左右各一，由系膜悬挂在腹腔背壁上。
排泄系统
排泄器官主要是肾脏，位于腹腔的背部，呈紫红色。肾脏可分为前、中、后三部分。肾脏后部延伸出输尿管，左右输尿管在腹腔后部愈合，并突出一个不大的膀胱。总输尿管的末端与生殖输管相合，以一个尿殖孔开口或分开开口于肛门的后方。鱼的肾脏除了泌尿的功能以外，还可以调节体内的水分，使之保持恒定。另外，鱼鳃也有排泄作用，其主要排出物是氨、尿素等易扩散的氮化物和某些盐分。
内分泌系统
脑垂体是最重要的内分泌腺。它位于间脑腹面，视神经交叉后面的正中线上，常嵌在前耳骨的凹窝里。包括神经垂体(或称为垂体神经部)和腺垂体两部分，脑垂体的腺细胞能分泌多种激素，对鱼类的生长、性腺发育、甲状腺和肾上腺的发育以及体色等方面有重要的作用。鱼类的甲状腺由许多球形的甲状腺泡和滤泡组成，腺泡细胞的分泌物或直接进入血管，或贮存于泡腔内，当需要大量激素时，它流入血液输送到身体各组织。位于腹主动脉和入鳃动腺附近的组织中，另外还有斯氏小体、胰岛、尾垂体、后鳃腺、胸腺和性腺等。
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