1940年，联大师范学院遵部令，由黄钰生、冯友兰、吴有训、查良钊、陈雪屏成立筹备委员会，设立附属中小学校，并于当年11月开学。始称“国立西南联大师范学院附设学校”。
1941年，该校奉令改为“国立西南联合大学师范学院附属中小学校”。
1942年，中小学分开，中学称为“国立西南联合大学师范学院附属中学”，简称“联大附中”。
1946年5月，联大附中先改称“国立昆明师范学院附属中学”。
1984年，昆明师范学院更名为“云南师范大学”，附中随之更名为“云南师范大学附属中学”。
2003年9月1日，该校从昆明市建设路484号的老校址搬迁至昆明市高新技术开发区洪源路36号。
1993年7月，该校被云南省教育委员会评价认定为云南省一级二等完全中学。
2004年6月，该校被云南省教委评定为省一级一等高级中学。
2007年5月，该校团委被共青团昆明市委评为2006年度和谐进步年“五四红旗团委”，被共青团昆明市委授予2005——2006年度“青年文明校园”称号。
2008年，该校被中国教育学会学校管理分会被评为全国后勤管理先进单位。
2011年，该校获得昆明市高考质量优秀奖第一名。
2014年4月26日，教育部教育装备研究与发展中心所向该校授牌“普通高中现代文理教育教学实验”项目。
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