不能视为侵犯申请人合法权益。
你提出的这个问题关系到一个法理学的问题，即法的价值的平衡。论述起来可能会有很多学术性概念，艰涩晦懂，很难在这里给你一个很完整的解释。
举个例子吧！某已婚男甲因犯罪被判有期徒刑2年，此时，其妻的性权利因丈夫被剥夺人身自由而得不到行使。在这种情况下，我们不能说剥夺了已婚男甲人身自由的国家侵权。这是在不同的法益之间寻求平衡时，法律做出的当然判断。
您所说的这个事情，简单的来看，宅基地审批不符合当地有关政策和国家有关政策，使得申请人的利益受到损害，在这种情况下，法律做出的判断当然是要维护当地有关政策和国家有关政策的权威，而不能因为个别人的利益受损就判断相关政策侵权了，从而应该修改了。对吧？
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