盟军从3月恢复攻势后,决定首先拔掉马雷斯防线这个钉子。其间,盟军海、空军再次发挥巨大的优势,狠狠打击敌补给线及运输力量。到3月,盟军已拥有大量美国4引擎轰炸机,可以在白天对西西里岛以及意大利和希腊其他滨海地域的运输船只装载点和护航运输船队编组点进行大规模轰炸。在一次袭击中,22架美国“空中堡垒”式飞机将西西里巴勒莫港的4艘运输船击毁。4月10日,美国轰炸机对停泊在撒丁岛拉马达累纳港的意大利最后2艘重型巡洋舰发起攻击,击沉“的里雅斯特”号巡洋舰,击毁“戈里齐亚”号。
在突尼斯战役初期,轴心国在海上交通线上的平均损失率为25%~30%,到4月、5月,这最后两个月的损失则尤为严重,高达50%甚至50%以上。至此,轴心国与其突尼斯守军之间的交通线实际上已被切断。在这种情况下,德、意非洲集团军群司令阿尼姆上将向希特勒报告了他缺粮少油料的处境。凯塞林元帅也建议放弃突尼斯,将残存部队撤回本土,但是遭到希特勒的拒绝。
为了鼓舞士气,维持突尼斯守军,轴心国统帅部利用所有可供使用的驱逐舰、鱼雷艇以及运输船向突尼斯运送兵员及补给。4月,被盟军击沉击伤的补给船达60%。就在4月的最后一天,3艘意大利驱逐舰载运军队900人,葬身于大海之中。到4月底,在美国战斗机的有效截击下,轴心国的空运也停止了活动。轴心国不甘心失败,于5月3日夜派出1艘8000吨的大型货船,满载弹药、炸弹和地雷,在1艘鱼雷艇的护卫下向突尼斯驶去。它们在邦角附近被3艘来自马耳他的英国驱逐舰击沉。
5月7日,盟军占领德意军队在北非的最后供应基地——突尼斯港和比塞大港。德意非洲集团军群残部撤往突尼斯北部的邦角,并向总部报告无法再接受船运补给。然而,希特勒仍要求派船增援。当晚,最后3艘德国货船向邦角驶去。它们平安渡过西西里海峡后却找不到可以靠岸卸货的港口,犹豫徘徊之际被盟军飞机炸成碎片。
在突尼斯战役的最后阶段,盟军统帅部预料敌人将会通过海路或空运从邦角撤走,于是,同盟国海、空军在德意军交通线上的作战活动发展成为对海岸的封锁,旨在将轴心国军队全歼在非洲大陆上。为此,护航运输船队暂时停止开往马耳他岛,也不在近海区内活动,全部兵力集中封锁突尼斯的敌军。在这里盟军首次进行了逼近的紧闭封锁,参加封锁行动的驱逐舰、鱼雷艇和小型舰艇在邦角附近分两线成半圆形展开。炮舰则向集中在邦角半岛的轴心国军队开火,并压制向实施封锁的舰艇射击的敌炮兵。盟军轰炸机和战斗机对舰艇实施支援和掩护,歼灭机场和空中的敌机,阻止轴心国残余部队乘运输机撤走。盟军的这一封锁行动,粉碎了轴心国军队从突尼斯撤走的一切尝试。除数百人趁黑夜搭乘小型舰艇逃到西西里岛之外,5月13日,近30万人的轴心国部队向盟军投降,非洲战争胜利结束。
随着整个北非海岸控制在盟军之手,同盟国船运在地中海畅通无阻。尽管德国潜艇仍在暗中活动,但是其数量和威胁都在日趋减少。有时德国空军也袭击同盟国海军,骚扰它在地中海的航运。但是,从1943年5月13日突尼斯的轴心国军队放下武器那一刻起,盟军赢得的地中海制海权再没有丢失,在随后的西西里战役和意大利战役中继续发挥着重要作用。