就我个人的了解（可能不准确啊），在某些企业应用环境下，需要企业的IT部门或者系统管理员为企业的所有员工远程批量自动部署应用程序，在这种情形下就必须要使用MSI并采用Active Directory的策略来进行了。
另外，有的安装程序做出来的EXE文件，其实只是MSI的一个引导程序，它必须和MSI配合在一起才能安装。这个引导程序会去启动Windows Installer服务，检查Windows Installer服务版本等……
而有的安装程序这把这个引导程序和MSI打包成了一个单独的EXE。
其实，用Visual Studio做出来的安装程序，就算是通过EXE安装，实际上也是会在后台启动Windows Installer Service来完成安装的。
exe比msi好用，msi需要启动安装服务，exe直接可以运行
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