A = [1 0 0 0 1;1 0 0 1 0];
b = [2 4; 3 5];
ia = find(A(:)~=0);
A(ia)=b(:)
A =
2 0 0 0 5
3 0 0 4 0
%% 如果要对应行优先
A = [1 0 0 0 1;1 0 0 1 0]';
b = [2 4; 3 5]';
ia = find(A(:)~=0);
A(ia)=b(:);
A = A'
A =
2 0 0 0 4
3 0 0 5 0
设数组为a，a(find(a==0))=w,w就是你想替换的数。如果想替换的数是不相同的，那就用c=find(a==0)，这个时候数组c里就存放了等于0的下标，你就可以进行赋值替换了，如：a(c(1))=1+i。
temp=find(A~=0);
for i=1:1:length(temp)
A(temp(i))=你想要替换的值;
end
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