Thinkpad 每次进BIOS 输入管理员密码，都还要求输入用user硬盘密码。

楼主的设置把在下搞晕了。
貌似你的user具有超级管理员的权限。
楼主其实不必设置太多密码，要知道本本bios密码忘了可是很难搞定的。你只须把bios设super master密码，也不必对硬盘也加密，然后系统设一密码。这样本本的安全性就足够高了，密码过多使用反而会很复杂。
我的thinkpad sl410k，之前设super master密码超过8位，后来怎么都进不去bios，试了n次，最后只输了前8位才进去，郁闷死到死，常识害死人啊。后来就把bios的硬盘加锁，开机加锁都去掉了，只留进bios加锁了。
win7系统的bitlocker对硬盘加密很不错，你可以试下。

以下是关于thinkpad_bios有关密码部分的
Power-On Password 启动该项后，每次开机时候，需要你要键入正确密码才能引导系统
Supervisor Password启动该项后，可阻止未授权用户访问BIOS 设置
Lock Bios setting启动该项后,可以阻止其他用户更改BIOS设置，除了supervisor用户才可更改
Hard Disk1 Password 这个设置可以阻止未授权的用户访问硬盘上的所有数据，只有输入正确的密码才能访问。通常是在开机时要求输入。

不知道你是否把所有的密码都设置成一个密码了，建议你可以先测试一下，使用不同的密码，看是否能够解决这个问题。还有你设置这些密码的时候是否是在你升级bios之前呢？
你的第二个问题应该是没有开启Lock Bios setting选项，因为那个开启后才会阻止不是超级管理员用户的用户修改bios设置