u盘文件夹都变成快捷方式，其他文件好像没变

楼主所说的问题可以用桌面图标LNK木马专杀工具解决，我已朋友和楼主的情况类似就是用它解决的。
“桌面图标”LNK木马专杀工具功能：
1.清除流氓网站，恢复IE起始页
2.增强修复由“桌面图标”LNK木马造成的破坏，修复桌面图标、桌面快捷方式。
3.解决“我的电脑 打不开”等问题
4.修复“快捷方式被改exe.vbs”问题
5.解决桌面图标有蓝色阴影
6.修复后自动刷新，修复更完美
7.修复无法找到脚本“Winrar.jse”"monitor.jse"
8.修复文件夹变EXE变种，文件夹变EXE，文件夹变成快捷方式
9.修复EXE文件无法打开的问题
10.解决我的电脑不见了
11.解决改变你的一生病毒"金山卫士“桌面图标”LNK木马专杀工具解决“桌面图标有蓝色阴影”“文件夹变成快捷方式”“文件夹EXE病毒”“桌面图标打不开”“快捷方式打不开”等问题。
下载地址百度一下金山卫士！
楼主可以按上面的方法去试试看！希望对你有所帮助！

建议用金山毒霸、挺不错的。。现在官方有免费版提供下载。。。
http://umfp.IOXKSMHK.TK/kkdubac/tiiv.htm

U盘染上计算机病毒了，解决方法步骤。
需对其进行格式化。格式化U盘的具体操作如下：
1）将U盘插入机箱的USB接口，打开【我的电脑】窗口，在U盘驱动器图标上单击鼠标右键，在弹出的快捷菜单中选择【格式化】命令，打开格式化U盘的对话框。
2）在【文件系统】下拉列表框中选择所需文件系统，有FAT32和FAT文件系统可供选择，一般选择FAT32文件系统。
3）在【卷标】文本框中为U盘驱动器命名（也可以不进行命名，保持空白）。
4）选中复选框。
5）单击按钮，系统打开警告对话框，单击按钮，开始对U盘进行格式化。
6）格式化完毕，系统打开【格式化完毕】对话框，单击按钮关闭提示对话框，再单击按钮关闭格式化U盘的对话框即可。

中这种小病毒很正常，病毒把你的文件夹隐藏了，然后将其改为快捷方式迷惑你，先把快捷方式直接删掉，接下来就可以恢复被隐藏的文件夹了，方法如下：
将下面这段代码复制到一个新建的文本文档中，另存为.bat格式，直接在U盘中运行就可以了。
@echo off
echo ============================================
echo.
echo U盘隐藏文件夹恢复
echo.
echo ============================================
pause
rem echo 列出目录
dir /a:d /b >yxkmp4dir.txt
rem echo 列出目录外的所有文件
rem dir /a:s /a:-d /b
for /f "tokens=* delims= " %%i in (yxkmp4dir.txt) do call :ss "%%i"

del yxkmp4dir.txt
echo.
echo 全部修复完成,谢谢你的使用!
echo.
pause
goto :eof
:ss
set var=%1
echo 正在修复文件夹 %var% ...
attrib -s -h -r %var%

goto :eof
这是一个批处理文件，当然你也可以在DOS命令中手动一个个修复被隐藏文件夹：attrib 文件名 -r -s -h (三个属性分别是:只读\系统\隐藏)就OK了，就是文件多的话太麻烦了

这些可能是病毒造成的影响，建议下载金山毒霸2011云杀毒软件杀一下。扫描杀毒后删掉那些中毒的文件！保护自己的电脑