遇到这样的事情我该怎么用法律的手段保护自己？

把每次敲诈用录音录下，以便日后之用，每次都要求对方提供证据，并且做好起诉的准备，如果他们继续纠缠，你也可以求助公安部门。

第一，你蹲她时有你的另一个同事在场，他可能是证人，第二，你带她去医院有没有留下检查结果，若有就好办了，这就是关键的证据，没有的话可以到医院看看能不能取得当天的医疗记录。另外可以验伤来确定伤情。尽量你们私下解决，如果不行可以到法院，如果对方同意法院调解，尽量调解解决，比较快。一旦走法律程序就会很慢，要花费很多时间成本和精神成本，还要花费大量金钱。

不过最主要的是你现在咨询律师,如果她仍然纠缠,你可以提起民事诉讼来解决此矛盾,还有举证都交个律师去办理,因为你个人无法采取相关的证据,
如果你经济有困难,可以适时的申请司法援助进行解决此次问题,请别意气用事私下解决,所以很多事情得忍!(别回复我,我只是在偶然的情况看到你的贴子!)

首先，相信医学。当初医院的检查记录将是有力的证据。即便需要重新检查，也不怕。是不是你当初搞的，现代医学，一查便知。
其次，不能轻易赔偿，更不能私了。必须有医院（公认的）检查证明。
最后，即使真的是你的责任，要赔偿也必须在调解人的主持下或法院的调解或判决下进行。
顺便说明。本人是律师，要打官司，可以找我，完全免费。