市场机制配置资源的缺陷具体表现在下列方面：
⑴收入与财富分配不公。
这是因为市场机制遵循的是资本与效率的原则。资本与效率的原则又存在著“马太效应”。从市场机制自身作用看，这是属於正常的经济现象，资本拥有越多在竞争中越有利，效率提高的可能性也越大，收入与财富向资本与效率也越集中；另一方面，资本家对其雇员的剥夺，使一些人更趋於贫困，造成了收入与财富分配的进一步拉大。这种拉大又会由於影响到消费水平而使市场相对缩小，进而影响到生产，制约社会经济资源的充分利用，使社会经济资源不能实现最大效用。
⑵外部负效应问题
外部负效应是指某一主体在生产和消费活动的过程中，对其它主体造成的损害。外部负效应实际上是生产和消费过程中的成本外部化，但生产或消费单位为追求更多利润或利差，会放任外部负效应的产生与漫延。如化工厂，它的内在动因是赚钱，为了赚钱对企业来讲最好是让工厂排出的废水不加处理而进入下水道、河流、江湖等，这样就可减少治污成本，增加企业利润。从而对环境保护、其它企业的生产和居民的生活带来危害。社会若要治理，就会增加负担。
⑶竞争失败和市场垄断的形成
竞争是市场经济中的动力机制。竞争是有条件的，一般来说竞争是在同一市场中的同类产品或可替代产品之间展开的。但一方面，由於分工的发展使产品之间的差异不断拉大，资本规模扩大和交易成本的增加，阻碍了资本的自由转移和自由竞争。另一方面，由於市场垄断的出现，减弱了竞争的程度，使竞争的作用下降。造成市场垄断的主要因素。①技术进步；②市场扩大；③企业为获得规模效应而进行的兼并。一当企业获利依赖於垄断地位，竞争与技术进步就会受到抑制。
⑷失业问题
失业是市场机制作用的主要後果，一方面从微观看，当资本为追求规模经营，提高生产效率时，劳动力被机器排斥。另一方面从巨集观看，市场经济运行的周期变化，对劳动力需求的不稳定性，也需要有产业後备军的存在，以满足生产高涨时对新增劳动力的需要。劳动者的失业从巨集观与微观两个方面满足了市场机制运行的需要，但失业的存在不仅对社会与经济的稳定不利，而且也不符合资本追求日益扩张的市场与消费的需要。
⑸区域经济不协调问题
市场机制的作用只会扩大地区之间的不平衡现象，一些经济条件优越，发展起点较高的地区，发展也越有利。随著这些地区经济的发展，劳动力素质，管理水平等也会相对较高，可以支付给被利用的资源要素的价格也高，也就越能吸引优质的各种资源，以发展当地经济。那些落後地区也会因经济发展所必须的优质要素资源的流失而越发落後，区域经济差距会拉大。再是因为不同地区有不同的利益，在不同地区使用自然资源过程中也会出相互损害的问题，可以称之为区域经济发展中的负外部效应：江河上游地区林木的过量开采，可能影响的是下游地区居民的安全和经济的发展。这种现象造成了区域间经济发展的不协调与危害。
⑹公共产品供给不足
公共产品是指消费过程中具有非排它性和非竞争性的产品。所谓非排它性也就是一当这类产品被生产出来，生产者不能排除别人不支付价格的消费。因为这种排它，一方面在技术上做不到，另一方面却使技术上能做到，但排它成本高於排它收益。所谓非竞争性是因为对生产者来说，多一个消费者，少一个消费者不会影响生产成本，即边际消费成本为零。而对正在消费的消费者来说，只要不产生拥挤也就不会影响自己的消费水平。这类产品如国防、公安、航标灯、路灯、电视信号接收等。所以这类产品又叫非盈利产品。从本质上讲，生产公共产品与市场机制的作用是矛盾的，生产者是不会主动生产公共产品的。而公共产品是全社会成员所必须消费的产品，它的满足状况也反映了一个国家的福利水平。这样一来公共产品生产的滞後与社会成员与经济发展需要之间的矛盾就十分尖锐。
⑺公共资源的过渡使用
有些生产主要依赖於公共资源，如渔民捕鱼、牧民放牧。他们使用的就是以江湖河流这些公共资源为主要对象，这类资源既在技术上难以划分归属，又在使用中不宜明晰归属。正因为这样，由於生产者受市场机制追求最大化利润的驱使，往往会对这些公共资源出现掠夺式使用，而不能给资源以休养生息。有时仅管使用者明白长远利益的保障需要公共资源的合理使用，但因市场机制自身不能提供制度规范，又担心其他使用者的过度使用，出现使用上的盲目竞争。
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