1727年,林耐进入隆德大学学习医学,后来又进入乌普萨拉大学学习,虽然主要课程都是有关医学的,但植物学仍然是林耐的最爱,人们在学校图书馆和植物园中经常可以见到他的身影。周六、周日他则经常去野外采集标本。有一次,他在野外采集一种植物标本时,被毒蛇咬了一口,差点丢了性命。但这并没有使林耐退缩,相反更坚定了他战胜困难、勇往直前的决心。
林耐在研究中发现,以前的植物学书籍分类太乱了,而且也很不全面,他感觉很有必要建立一个统一的生物分类系统和命名法。他与同学阿提迪共同确定了一个志向:要对地球上所有植物、动物和矿物进行系统地分类和命名。他很清楚这一目标实现的难度,但既然有了远大的理想,就一定要去努力实现。