水源质量也是影响GAP中药无公害生产的重要因素，如果水源一旦被污染，即使在生产中采取其他任何GAP无公害栽培技术，其结果也无济于事，使其生产效果事倍功半。无公害中药生产基地水源质量必须符合国家农田灌溉水质标准，具体要求是：基地内水资源丰富，水质质量相对稳定，如符合条件的地下水、大中型水库、大中河流和湖泊等。
如用江湖水作为灌溉水源，则要求在基地上方水源的各个支流处无工业污水排放，水质基本达到二级饮用水标准。水体清澈透明，无异味，水源周围无污染源，如粪堆、厕所、畜禽场、动物食品加工等。具体的监测指标有：pH、镉、铅、汞、砷、六价铬离子、氟化物、氰化物、氯化物、细菌密度、大肠菌密度、化学耗氧量和生物耗氧量以及溶解氧等。农田灌溉用水执行GB5084-92标准，按该标准规定种植作物，生化需氧量（BOD5）≤80毫克/升；化学需氧量（COD）≤150毫克/升；凯氏氮≤30毫克/升；总磷（以磷计）≤30毫克/升；pH5.5～8.5；全盐，非盐碱土地区≤1000毫克/升、盐碱土地区≤2000毫克/升；重金属，如总汞≤0.001毫克/升、总镉≤0.005毫克/升、总砷≤0.05毫克/升、铬（六价）≤0.1毫克/升……；粪大肠杆菌群≤10000个/升；蛔虫卵数≤2个/升。
综合污染指数法的水质综合评价，1级水源的综合污染指数应在0.5以下；2级在0.5～1.0之间；超过1.0时为3级，这时该水质超出警戒水平。