一， 西药外用。效果较好的是：争光霉素、足叶草毒甙、氟尿嘧啶、维A酸等，上述药宜结合使用。
二， 中药外用。效果较好的是：薏苡仁、板蓝根、山豆根、大青叶、木贼、白果仁等，可以做成面膜用。鸦胆子仁提取物外涂也有不错的效果。
三， 中药口服：配方大致如下：板蓝根、大青叶、木贼、山豆根、金银花、败酱草、黄芪等。
四， 如果是稳定期的扁平疣，用“丰山祛疣灵组合方”（包括外用药膏、中药面膜、中药口服药）可很快获得治愈！！
五， 如果是进展期的扁平疣，则除用上述方法外，则还需要结合西药加强清除体内的病毒，一般用左旋咪唑、聚肌胞就可以了。比较顽固的可以用胸腺肽、干扰素等药物。这些药都比较便宜且须在医生的指导下用药，因此须在当地购买、使用。
六， 如果是“疣状表皮发育不良”（严格来说不能算是普通意义上讲的扁平疣），治疗难度要大得多，
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