增值税普通发票作废后第二联丢失，说明日常发票管理不善，如果已被税局查出来了，后续处理办法：
1、积极配合税局人员检查需要的资料；2、按税局处罚规定执行。
已经作废的发票，联次丢失也不用登报声明作废了，只要对按照税务机关工作人员如实反映情况，按照发票管理法有关规定，接受罚款的处理决定就行了。
