香蕉枯萎病菌主要是从罹病蕉树的根茎通过吸芽的导管延伸至繁殖用的吸芽内,当引用有病的吸芽进行繁殖时,病害就会传播开来。病蕉根部周围的土壤也是病菌存留的场所。在环境条件适宜时,在感病寄主的病部能产生分生孢子。如在带病的土壤上种植蕉苗,病菌可以从根部侵入,并通过寄主维管束向茎上发展。土壤中病菌侵入寄主的方式一般是通过受伤或无伤的幼根或受伤的根茎向假茎及叶部蔓延。在茎基部侵入病菌可以沿着导管系统而进入吸芽。当母株发病枯萎后,吸芽还可以带病继续生长一段时间。全株枯死后,病原菌能在土壤中营腐生生活。该病的菌丝和大小分生孢子可以被部分杀菌剂杀灭,但厚垣孢子能在恶劣条件下长期生存,一旦条件适合就萌发、繁殖。
从苗期到挂果后期都感病,抽蕾期植株的新根发生少,抵抗力减弱,感病较多。抗病和耐病的品种根系对病原菌菌丝有抗(耐)性,不容易被侵染,如果使用消毒剂或辅助药剂可增加抗性。
该病可由苗木、流水、土壤、农具、农事操作带菌传播,有明显的发病中心。蕉园间人员走动、鞋子带病土,也会传播病菌。病原菌一般在雨季(5~6月份)感染,10~11月份达高峰期。组培苗伤根、淋菌液处理,潜伏期可短至15天表现症状。病害在沙壤土比砖红壤土传播快。沙壤土蕉园一旦发生,一般在2年内不能种植,而红壤土可以忍耐3~4年。