药山自然保护区属自然生态系统类别的森林生态系统类型的自然保护区，是列入《中国生物多样性保护行动计划》“森林生态系统的优先保护区”。主要保护对象是具有中国东部与西部植物区系过渡性质的常绿阔叶林，特别是具有重要科研价值的半湿润常绿阔叶林生态系统。国家Ⅰ级重点保护野生植物——巧家五针松为代表的珍稀和特有植物攀枝花苏铁、南方红豆杉、珙桐、领春木、水青树、连香树、喜树、香果树、松茸等；国家重点保护的野生动物猕猴、林麝、斑羚、黑熊、豹、鬣羚、红腹角雉、鸺鹠、水獭、穿山甲、金猫等；高海拔地区的沼泽化草甸湿地生态系统；90多种模式标本植物的生境；燕山期至喜山期中晚阶段的古夷平面、第四纪冰期遗迹、深切河谷和巧家组地层等有重要保护价值的地质遗迹；从轿顶山至两江交汇的山地植被垂直带谱的自然景观。
药山自然保护区保护植物目录
国家一级保护植物：巧家五针松、红豆杉、珙桐、攀枝花苏铁。
国家二级保护植物：篦子三尖杉、西康玉兰、连香树、红椿、喜树、水青树、樟树、果树。
药山自然保护区保护动物目录
国家一级保护动物：
金雕、白肩雕、黑颈鹤、豹、林麝；
国家二级保护动物：
红腹角雉、白腹锦鸡、雕鸮、领鸺鹠、斑头鸺鹠、猕猴、穿山甲、水獭、斑羚、鬣羚、红瘰疣螈、黑鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、乌雕、白尾鹞、游隼、红隼、灰鹤、藏酋猴、黑熊、大灵猫、金猫。
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