对于这个问题，建筑业马上也要营改增了，以后就不会有这类情况了。
现在来说，由于你公司作为施工方自购材料，要看这是哪类材料了？在目前有效的税总文件 中，对建筑业非现场制作的如水泥结构件、玻璃幕墙等，可分开核算，交增值税。
因此如果是购买的上述原材料，可以开增专票用于抵扣，否则，只需要普票即可，不能抵扣。由于增票的税点是17%（一般纳税人普票也是17%），而小规模纳税人的普票是3%，如果是不能抵扣的原材料购进，建议从小规模纳税人处购进较为节省。
亲：工程施工购得原材料所取得的增值税进项发票，应该不能抵扣，因为建筑业交的是营业税。
开建筑业的营业税比较合算点。
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