毕业论文参考文献中的[J]、[M]等都是指代什么？

根据GB3469-83《文献类型与文献载体代码》规定，以单字母标识：

M——专著（含古籍中的史、志论著）

C——论文集

N——报纸文章

J——期刊文章

D——学位论文

R——研究报告

S——标准

P——专利

书写格式

1、参考文献标注的位置

2、参考文献标标注方法和规则

3、参考文献标标注的格式

2007年8月20日在清华大学召开的“综合性人文社会科学学术期刊编排规范研讨会”决定，2008年起开始部分刊物开始执行新的规范“综合性期刊文献引证技术规范”。

以上内容参考：百度百科-参考文献

根据GB3469-83《文献类型与文献载体代码》规定，以单字母标识：
M——专著（含古籍中的史、志论著）
C——论文集
N——报纸文章
J——期刊文章
D——学位论文
R——研究报告
S——标准
P——专利
A——专著、论文集中的析出文献
Z——其他未说明的文献类型
电子文献类型以双字母作为标识：
DB——数据库
CP——计算机程序
EB——电子公告
非纸张型载体电子文献，在参考文献标识中同时标明其载体类型：
DB/OL——联机网上的数据库
DB/MT——磁带数据库
M/CD——光盘图书
CP/DK——磁盘软件
J/OL——网上期刊
EB/OL——网上电子公告
一、参考文献著录格式
1 、期刊作者．题名〔J〕．刊名，出版年，卷(期)∶起止页码
2、 专著作者．书名〔M〕．版本(第一版不著录)．出版地∶出版者，出版年∶起止页码
3、 论文集作者．题名〔C〕．编者．论文集名，出版地∶出版者，出版年∶起止页码
4 、学位论文作者．题名〔D〕．保存地点．保存单位．年份
5 、专利文献题名〔P〕．国别．专利文献种类．专利号．出版日期
6、 标准编号．标准名称〔S〕
7、 报纸作者．题名〔N〕．报纸名．出版日期(版次)
8 、报告作者．题名〔R〕．保存地点．年份
9 、电子文献作者．题名〔电子文献及载体类型标识〕．文献出处，日期
二、文献类型及其标识
1、根据GB3469 规定，各类常用文献标识如下：
①期刊〔J〕
②专著〔M〕
③论文集〔C〕
④学位论文〔D〕
⑤专利〔P〕
⑥标准〔S〕
⑦报纸〔N〕
⑧技术报告〔R〕
2、电子文献载体类型用双字母标识，具体如下：
①磁带〔MT〕
②磁盘〔DK〕
③光盘〔CD〕
④联机网络〔OL〕
3、电子文献载体类型的参考文献类型标识方法为：〔文献类型标识/载体类型标识〕。例如：
①联机网上数据库〔DB/OL〕
②磁带数据库〔DB/MT〕
③光盘图书〔M/CD〕
④磁盘软件〔CP/DK〕
⑤网上期刊〔J/OL〕
⑥网上电子公告〔EB/OL〕
参考：http://zhidao.baidu.com/question/121287906.html

英文的文献标识码应与中文对应：联机网上数据库[db／ol]；
c—业务指导与技术管理的文章（包括特约评论）、专访等；
b—实用性成果报告（科学技术）、c、知识介绍等：专著[m]、人物、书刊；学位论文[d]；报纸[n]；
p——专利
patent；
（3）电子文献的载体类型及其标识；
c——-论文集collection
；
d——学位论文
degree；
n——报纸文章
news、b；报告[r]、论文集中的析出文献
article国家期刊出版格式要求在中图分类号的下面应标出文献标识码；计算机程序[cp]；
e—文件、d；
j——期刊文章
journal；期刊[j]。
注；
（2）电子文献类型标识。
[参考文献类型标识码]
m——专著
monograph
、资料，规定如下：
a—理论与应用研究学术论文（包括综述报告）、报导；
a——专著、理论学习与社会实践总结（科技）；电子公告[eb]；
d—一般性通讯：数据库[db]；
r——报告
report；论文集[c]；
s——标准
standard；
z——其它末说明文献
（1）文献类型标识；
标准[s]；专利[p]：
作者可从下列a、e中选用一种标识码来揭示文章的性质

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一楼的已经很详细了，楼主采纳即是。