药学属于医学或者理学，偏向理论研究，主要关于药物的理论知识，主要学习的科目是很多化学类科目、药化、药分、药代等等，没有生产实习，细分还可以分为药分、药剂、药化专业。制药工程属于工科，偏向生产实践，主要是关于药物的生产方向，除了药物的一些基本知识之外，还要学习一些化工方向的科目，如工程制图，高数等等，有生产实习。
药学是理科，到了大三左右回分科，分成药物分析啊什么的；制药工程是工科，有的学校会偏重药物合成，就是合成一些有机物啊什么的，有的学校就偏工程类，会学制药设备啊一类的
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