为什么日军在二战期间对待战俘是最残忍的？

个人认为“最残忍”还应该包括德军。
以下资料来源于《正义之剑——全球追捕、审判纳粹战犯史鉴》该书（2002版）：
二战期间，盟国战俘特别是苏联战俘也早于犹太民族而遭到系统的大屠杀，这类的集体屠杀始于1941年夏。
整个战争期间，惨遭纳粹分子毒手——直接杀害或蓄意谋害致死的盟国战俘，数量大约150 万以上。苏联卫国战争期间，有580 万苏军官兵遭到合围。突围失利后成为德军的战俘。由于苏联政府未曾在《日内瓦公约》上签字，纳粹当局抓住这一点大做文章，不肯给予苏军战俘以应有的战俘待遇。多方面的档案材料已经证实，无论是德国武装力量最高统帅部还是党卫军、盖世太保当局，均曾下达秘密指令杀害不肯屈服就范的苏军战俘。1941年3 月，纳粹德国对苏进攻前夕，德军最高统帅部作战部长阿尔弗雷德·约德尔，秉承希特勒的意图，制定了“特殊纲领”，其中规定：对苏军战俘中的党员干部尤其是各级政委，一经发现即可就地处决。1941年11月9 日，盖世太保的总头目海因利希·密勒对其部下发布指示：苏军战俘中凡明显不能干活或不能进行短暂行军者，今后不必送往集中营处死，允许对其就地处决。1942年初，德军大本营战俘事务局在柏林召开秘密会议。会议由该局局长冯·格雷维尼茨将军主持，议题是讨论如何处置那些因病弱伤残而已失去劳动能力的苏军战俘。许多出席该会议的军官，其中包括一些医生均声称，应该把这样的俘虏集中在营地或战地医院，并且把他们毒死。根据会议精神，冯·格雷维尼茨将军下达命令，把丧失生活能力和劳动能力的战俘处死，为此目的可以使用医务人员。至迟到同年夏天，“毒死俄国战俘的办法已经被付诸实施”。此举给纳粹党卫军和国防军官兵对苏军战俘大开杀戒提供了堂而皇之的依据，导致无数起虐待、折磨、拷打、杀害苏军战俘的事件。仅在白俄罗斯，就有70多万战俘被德军以各种方式虐杀。对此负有直接责任的是德国陆军驻白俄罗斯部队司令官古斯塔夫·弗雷海尔将军、纳粹中央保安总局驻白俄罗斯警察长官爱德华·瓦格纳将军和盖世太保驻明斯克地区首领盖奥尔格·豪泽尔。
纳粹分子大肆杀害盟军战俘特别是苏军战俘的罪恶行经，大部分是在集中营或灭绝营内完成的。在奥斯维辛和毛特豪森、萨克森豪森等集中营，苏军战俘作为极端的异己势力被蓄意大量杀害。1941年9 月3 日，奥斯维辛集中营的部门负责人、党卫军上尉弗利奇，在主营进行新型毒气奇克隆—B 的功能试验。他挑选出来的试验对象不是犹太人，而是600 名苏军战俘和250 名波兰重病囚犯。集中营当局还故意加重苏军战俘的劳动强度，削减其营养标准，甚至只因轻微的过错，就把他们作为对抗当局、破坏营内秩序的罪名送往政治部严刑拷打，直至大批处决。从1941年8 月到1945年初，仅在奥斯维辛一处，非正常死亡的苏军战俘即多达15万人以上。布亨瓦尔特集中营的纳粹医生还独出心裁地发明了一种简便易行且不易为受害者觉察的日常杀人方法，专门以苏军战俘为对象：每天，都有一批苏军战俘接到通知，要求他们逐个进入医疗所测量身高。一进入指定房间，站好位置后，医生就开始按电钮。不过，落到他们头顶上的不是卡尺，而是一块急速下降的下端极为尖锐的圆锥型大铁块，一经扎人脑颅，就造成测量者当场毙命。党卫军护士只需拉走尸体，再擦去少许溅在墙上、地上的血迹，就笑盈盈地叫喊下一个受害者进来接受检测。每天，受害者的数量都往往在5 人以上。
在斯莫棱斯克，德国军医舍姆、盖特勒、米勒、奥特、施泰芬、瓦格纳，在其他军医部门人员协助下，在给予新药的幌子下，对被俘的苏军官兵肆意进行各种医学试验。其后，又通过注射砒霜和羊角拗质等剧毒制剂将他们杀害。驻扎在斯莫棱斯克的德军第551 战地医院卫生员莫迪什，使用注射毒剂的手段杀害了24个苏军伤病战俘。此外，他还从6 —8 岁的苏联儿童身上抽取大量血液输入到德军伤员体内，而这些可怜的孩子们大量因过度失血死去。在1944年8 月开始的华沙起义中，不少德军军医也对战俘扮演了不光彩的角色：例如，德军在华沙切尔尼亚科夫斯卡大街的奇特罗恩工厂俘获了一个起义者的医院，德国军医舒尔策发现了两名需要立即进行手术的重伤员。然而，他不但拒绝给他们做手术，反而掏出手枪将2 人击毙。至于德军枪杀被俘的盟军医院军医和护士的事件，更是屡见不鲜。
在德国三军对被俘人员实施人体试验的罪行中，空军是最积极、参与最广泛的一家。在空军医务系统内，上至空军元帅米尔希、医务总教授希普克博士，下至军医中尉奥斯卡·施罗德，许多医生、教授、博士都参与了使用集中营囚犯进行高压仓试验和冷冻试验的残暴行为，他们的“科学研究”直接造成至少数以百计的战俘痛苦不堪地死亡。
苏军战俘尤其是其中的女战俘，还被大量用于代替豚鼠作为惨无人道的活人试验。在奥斯维辛集中营的布纳分营，纳粹的医生、药剂师和化学家，使用苏军女战俘进行新药和新型制剂的试验，每次被试验人数都在100 人以上。此前，这些新药和新试剂往往未经任何动物试验，因此带有极大的风险。从战后盟国人员掌握的部分材料分析，至少有三批接受注射荷尔蒙新型制剂的苏军女战俘在经过注射后数日内全部死亡，死亡人数分别为150 人、170 人和200 人。另有确凿证据证实，至少有数十名年龄在26岁以下的苏军被俘女官兵，被送进奥斯维辛主营出号楼，接受舒曼和克劳贝格医生的绝育试验手术，并在多次试验后，因不再具有试验价值，而被驱赶到比克瑙分营的几个毒气室杀害。在布亨瓦尔特、达豪、萨克森豪森集中营，苏军女战俘在经历其他种类的医学试验后，又被特列宾斯基等纳粹医生注射毒剂杀死灭口。有些面貌出众的女战俘，还被集中营当局选中，强迫她们在营中妓院充当营妓。其中染上性病的不幸者或被迫怀孕者，最后依然逃脱不了被毒杀的悲惨命运。
1944年11月，纳粹德军奉命将手中的所有苏军战俘移交给盖世太保。此举进一步加快了苏军战俘被杀害的规模和速度。
党卫军帝国司令官希姆莱对其手下肆意杀害苏军战俘的行为持纵容和支持的态度。1944年9 月，他竟亲临毛特豪森集中营视察，观赏集中营司令官特意为他安排的一场“处死50名苏军军官的精彩表演”。到战争结束，被纳粹德军俘虏的580 万苏军战俘中，除100 多万人参加了卖国贼安德烈·弗拉索夫的伪军——俄罗斯民族解放军或充当纳粹集中营看守外，只有100 多万人幸存，另外的300 多万人全部被有组织地杀害或死于疾病与饥寒交迫。
美、英以及西欧国家落入纳粹德国手中的战俘，其生活待遇一般来讲要明显优越于苏军战俘，但也多次遭到被杀害的结局。突出的一例是47名美、英、荷兰被俘飞行员的悲惨境遇。1944年夏天，上述47名飞行员在对德国的一次轰炸中飞机被击落，跳伞后被俘。他们全部被纳粹法庭判处死刑，并押送到素以杀害战俘闻名的毛特豪森集中营执行死刑。集中营司令官马克斯·齐莱斯认为，无论使用枪决还是绞刑，都对飞行员们太便宜了。他于是采用了一种让他们吃尽苦头的处决办法，送他们去采石场做工，让不堪忍受的苦役和毒打把他们慢慢地折磨死。他们惨死的情景是后来由幸存的战俘讲述的：毛特豪森集中营的采石场是一个巨大的盆地，从地面上有一条用80块粗糙的大岩石块垒起的阶梯通往盆地底部。这47名空军战俘，每天光着脚，只穿衬衣和短裤，有的光着膀子。他们抱着或扛着25公斤到30公斤重的石块，沿着石台阶往上走，时不时地饱尝拳打脚踢，甚至被有意投下的石块砸伤。搬到地面还来不及放下，就又被赶下去，强迫他们搬一块比前一回更重的大石块。这样折腾了一天，到晚上收工时，已有21人活活累死。次日，党卫军又用同样的手法对付还活着的人。到第二天晚上，就只剩下一个活人了。
闻知战友们惨遭杀害，被关押在毛特豪森集中营萨冈分部“3 号空军战俘营”的数百名美英飞行员决定越狱。他们以难以想象的毅力，挖通了1 条越狱隧道。1945年3 月24日，80名英国飞行员越狱成功。希特勒闻讯大怒，亲自下令杀害敢于逃跑的飞行员。3 月26日，盖世太保总头子缪勒下命令给布雷斯劳地区的盖世太保头子、党卫军突击队中队长沙尔贝文克，要他执行杀害重新被捕的飞行员的任务。尽管不少纳粹大员出面做希特勒的工作，还是有50名飞行员被杀害。这就是二战中有名的萨冈事件。战后，这两起惨案的罪魁祸首、萨克森豪森集中营司令官马克斯·齐莱斯及其主要帮凶，被美国军事法庭判处死刑。
在布亨瓦尔特集中营，几十名文身的法国年轻战俘被集中营司令官汉斯·科赫的妻子伊尔丝挑选出来。她以注射防疫针的幌子给他们注射了致命的毒剂。其实，这些法国青年完全是无辜的，伊尔丝之所以杀害他们，其目的仅仅是为了剥取他们的人皮，去制作各种工艺品，以满足自己酷爱“艺术”的嗜好。
在纳茨维勒集中营，汉斯·罗德等纳粹医生甚至形成一个不成文的规定：只要抓获到盟军的女官兵，一律使用注射毒剂的办法处死。为此，战后盟军法庭曾对这些沦为战犯的纳粹医生进行过严正的审判，直至判处死刑。这就是闻名欧洲的纳茨维勒集中营罪犯审判案。
另外所谓的“国军优待日军俘虏”是不准确的。
真实情况如下：
抗战期间除了八路军、新四军有战俘纪律以外，其余的国军部队，对待日军战俘一点都不比苏联红军逊色，经常是一次会战下来抓住的俘虏只有区区几人或者数十人。日军士兵信奉“武士道”死战不降是原因之一，另一方面，即使有日军战场缴械投降，常常也逃不脱被就地处决的命运。很多时候，国军士兵抓到日俘后，就地砍头、剖腹、活埋、火烧，直欲置于死地而后快。滇西反攻中，日军的负隅顽抗使国军蒙受极大伤亡，国军士兵恼怒万分，将活捉的日俘全部脱光衣服，挑断手脚筋，用荆棘缠身，钉在树上。他们以为那些日本人会死了，结果没死，然后就挖出眼睛，割掉鼻子和耳朵，把嘴巴打上洞，用树枝穿过去上下嘴唇缝起来；还没死，就开始剥日本人的脸上的皮，即使这样，那些日本人往往也要六七天左右才死。。。史沫特莱在《中国在反击》一书中记述，国军士兵在武汉保卫战中，对举手投降告饶的日军从来不喊“交枪不杀”，而是高喊“杀----”一个活的也不留。台儿庄会战，我军俘虏了30多名日本士兵。为了让老百姓见识一下日军的狰狞面目，蒋委员长命令押送到武汉，拴在电线杆子上示众。后被愤怒的市民乱石砸死。1941年冬天，我廖磊部在湖北和河南交界的鸡公山，端了日军一个野战医院，日本女护士被国军QJ后干掉。日本伤兵被杀掉。日军在中国很少主动投降的。除了武士道精神毒害以外，中国军队不接受其投降，也是个重要原因。

借用高晓松的一句话吧：
二战中，在战俘待遇这方面：苏军、德军是反人类；日军是非人类。
英美尚算合格。
法意等国家对战俘相对优待，中国的国共两党争着善待日本战俘，为战后的内战拉扰人才。

被俘的女战俘很少，基本上还是很好对待了，个别可能被侵犯。日本在二战时期女人地位很低，大多在家里相夫教子，很少有女兵存在（作战单位一个没有，部分辅助单位如医疗，总部通信有个别有），所以战场上各国俘获的女兵凤毛麟角，大部分抓到的女性都是配属在日军基层单位的慰安妇。而且，日军有为了不然女人被俘受辱，在最后关头先自己杀了女性的习惯，所以只有突然别袭击的情况下，可能抓到女性俘虏，而基本上都是慰安妇。女性俘虏只有苏军攻击东北的时候，因为跟随日军司令部一起投降，被俘获一些，不过也是算是战后了，部分女兵有被苏联士兵猥亵的情况，相应的情况，美军在冲绳和日本本土也有过相似的做法。而向中国军队投降的日军女性俘虏还是比较安全的，基本上没有被人身没有被侵犯，这一点上，国共双方的战俘管理倒是很相近。