1、审计目标不同。内部审计：对组织内部的经营活动和内部控制的适当性、合法性和有效性进行审计。注册会计师审计：对被审计单位的财务报表的合法性和公允性进行审计。2、独立性不同。内部审计：为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱。注册会计师审计：为需要可靠信息的第三者提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。3、接受审计的自愿程度不同。内部审计：内部审计作为内部控制的重要组成部分，单位内部组织必须接受内部审计人员的监督。注册会计师审计：注册会计师以独立的第三方对被审计单位进行审计，委托人可自由选择会计师事务所。4、审计标准不同。内部审计：内部审计人员遵循的是内部审计准则。注册会计师审计：注册会计师遵循的是注册会计师审计准则。5、审计时间不同。内部审计：通常采用定期或不定期审计，可随时进行审计。注册会计师审计：通常是定期审计，每年对被审计单位的财务报表审计一次。
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